Под давлением конгресса президент Кеннеди создал в 1962 г. Управление по науки и технике (УНТ) во главе с помощником президента по науке, который в качестве директора УНТ был обязан отчитываться перед конгрессом и отвечать на его запросы. Аппарат помощника по науки был выведен из номенклатуры Белого дома и переведен в категорию федеральных учреждений исполнительной власти. Это была уступка конгрессу, в результате которой основная функция УНП весьма скоро была сведена лишь к координации научно-исследовательской деятельности государственных учреждений.

Функции управления наукой и техникой организационно стали отпочковываться от научно-консультативной службы президента и передаваться в другие органы исполнительной власти. К концу 1963 г. почти все федеральные ведомства имели в своем штате советников или помощников по науки, но научно-консультативный аппарат президента, включая УНП, все еще находился под его полным контролем, потому что все звенья этого аппарата были созданы на основе административных распоряжений президентской власти.

Перемещение функция управления наукой и техникой из Белого дома в федеральные ведомства положило начало новой тенденции: в течении 1963-1973 гг. наметился и стал увеличиваться разрыв между президентом и его научно-консультативным аппаратом, влияние которого на разработку политики в области науки и техники, а также воздействия науки на политику свелось к минимуму. Настороженность в отношениях между Белым домом и научной элитой, имевшей место при президентах Д. Эйзенхауэре и Дж. Кеннеди, в годы правления Л. Джонсона переросла в напряженность. В 1963-1968 гг. рост федеральных ассигнований на исследования и разработки был приостановлен помощник президента по науке и технике утратил свою власть, а научное сообщество стало подвергать президента суровой критике.

Чем же объяснить эти резкие изменения в отношениях между политической властью и научным сообществом в период президентства Линдена Джонсона?

Правление Джонсона характеризовалось двумя особенностями: провозглашением программы создания «великого общества», включая программу «войну с нищетой», с одной стороны, и ведением настоящей войны во Вьетнаме – с другой. Эти две войны оказали влияние на все американское общество и, естественно, на научную политику. Они вызвали сокращение государственных затрат на исследования и разработки, породили столкновения между Белым домом и сообществом ученых и привели к серьезным изменениям содержания научной политики.

Конфликт между сообществом ученых и президентской властью развивался постепенно. Джонсон понимал, что небольшое количество ведущих научных центров монополизировало научные исследования в стране. Он видел, что большинство помощников президента по науке и членов ПНКК в 1957-1963 гг. были выпускниками Гарвардского университета. 20 ведущих университетов получали половину федеральных субсидий, предназначенных для финансирования научных исследований в ВУЗах. Ученые и инженеры, занимавшиеся прикладными исследованиями и разработками, были недовольны тем, что «фундаментальщики» оттеснили их от государственных финансовых средств, учитывая это, Джон Джонсон использовал требования периферийных научных центров о «равномерном географическом распределении» федеральных субсидий на науку в политических интересах исполнительной власти и в конце 1965 г. подписал соответствующую директиву.

Под наблюдением Административно-бюджетного управления (АБУ) и Белого дома федеральные ведомства стали перераспределять государственные средства на науку. ННФ разработал программу развития науки, нацеленную на создание «ведущих научных центров» во второстепенных университетах. В 1967 г. министерство обороны начало осуществлять программу субсидирования научных исследований по военной проблематике в университетах, не обремененных его контрактами. Она была разработана в соответствии с директивой президента о равномерном географическом распределении ассигнований на научные исследования. Согласно этой программе, за три года было предоставлено 119 субсидий 78 учебным заведениям в 42 штатах на общую сумму 88 млн. долларов. В течении шести лет было затрачено 230 млн. долларов; в 1971 г. она была закрыта Никсоном.